Preceduta da un pronao, a navata unica con sei cappelle per lato e cupola al presbitrerio - secondo l'ampliamento diretto da Francesco Antonio Picchiatti nel 1622, su una precedente chiesa, risalente al 1616 - è un esempio di architettura barocca semplice che però contrasta con il decoro di importanti opere d'arte. Tra queste si segnalano gli affreschi con le Storie di San Francesco e di altri santi dell'Ordine che Giovan Battista Benaschi realizzò nel vestibolo d'ingresso; le 45 tele eseguite da Nicola Malinconico, tra cui I Dottori della Chiesa; le decorazioni marmoree dei fratelli Ghetti, come le due acquasantiere con simboli marini e i due imponenti organi che colpiscono il visitatore per la collocazione. Degno di nota è l'altare maggiore - rifatto a fine Settecento da Vincenzo d'Adamo - dove al centro, spicca la tela della Trinità, eseguita nel 1660 da Andrea Vaccaro.