Oltrepassato il grande cancello che delimita la cripta dalla basilica di Santa Maria della Sanità, si accede alle catacombe di San Gaudioso, il cui titolo fa riferimento al cubicolo dove, nel V secolo, furono portate le spoglie mortali del vescovo africano, Settimio Celio Gaudioso. Alla scoperta, avvenuta nel XVI secolo, seguirono numerose manomisioni ad opera dei frati Domenicani che intendevano rilanciare il cimitero, secondo le esigenze del tempo. Furono così realizzati altari in tufo ma anche incassati crani di benefattori, con relativi decori, alle pareti dell'ambulacro e scavati dei seditoi, noti come le cantarelle, dove venivano messi a scolare i defunti. Tuttavia, malgrado ciò, sono ancora presenti decorazioni di età tardoantica ed altomedievale come l'affesco di Pascenzio del V secolo, il mosaico del Trionfo della Croce, datato alla seconda metà del V secolo e la Theotokos (Madre di Dio) del IX secolo.Recentemente, sono state collocate nell'area del Cimitero dei Domenicani, alcune opere dell'artista contemporaneo Riccardo Dalisi.