La chiesa venne edificata nel 1326, nel sito in cui i complateari di Porta San Gennaro fecero costruire un ospedale per i poveri ed una cappella detta de Carbonario, probabilmente per la vicinanza alle discariche dove si bruciavano i rifiuti, che provocavano una polvere simile al carbone. Ceduta ai padri crociferi con l'obbligo di governare l'ospedale, questi non ebbero vita facile a causa della presenza in zona di numerose istituzioni religiose e ospedaliere; soppresso l'ordine religioso da Urbano VIII, la chiesa passò ai Padri della Missione. La facciata del 1724, fu innalzata su progetto di Giuseppe Astarita e nonostante i bombardamenti avvenuti durante la Seconda Guerra Mondiale abbiano distrutto quasi completamente sia la chiesa che i suoi arredi sacri, oggi si conserva ancora la fonte battesimale del '600, dove fu battezzato Sant'Alfonso Maria de' Liguoro; inoltre, nei sotterranei, si può accedere ai resti della zona absidale e alla navata dell'originario tempio del XIV secolo, in cui sono presenti tracce di affreschi coevi.