Il naoforo Farnese è il primo oggetto egiziano acquisito dal Museo di Napoli, dove la sua presenza è documentata già dal 1803.
La statua è l'unico oggetto egiziano presente nella celebre collezione Farnese, la sola collezione rinascimentale di antichità rimasta intatta nei secoli. La sua presenza nel Palazzo Farnese a Roma è documentata già nel Seicento dai più antichi inventari farnesiani. La statua era stata rinvenuta probabilmente a Roma o nei suoi dintorni, tra i resti di vari luoghi di culto isiaco di età romana.
Nel XVII secolo, fu esaminata dal gesuita Athanasius Kircher (1602-1680), che la pubblicò nel terzo volume dell’Oedypus Aegyptiacus (1654), interpretatandola erroneamente e raffigurandola come Iside.