Tra due quadrifore in tufo, attraverso un portale del XIV secolo, si accede ad un suggestivo ambiente con volte riccamente affrescate: è la sala Capitolare. Essa prende il nome dal Capitolo, ovvero una riunione di frati che qui si svolgeva, per conferire gli incarichi.
La sala capitolare è stata realizzata all’epoca della dominazione sveva (1234-1266). Le preziose decorazioni di questa sala sono attribuite a Luigi Rodriguez e furono realizzate nel 1608. Esse raffigurano, con stile decorativo a grottesca, i frati dell’ordine dei Minori Conventuali che si sono distinti per particolari meriti religiosi e culturali. L’albero genealogico della gloria Francescana raffigura frati missionari e letterati oltre a coloro che sono divenuti cardinali, papi e santi.